实施专项附加扣除政策既是此次新一轮个税改革的一大亮点，同时也是难点。根据新修改的个税法，今后计算个税应纳税所得额，在5000元基本减除费用扣除和“三险一金”等专项扣除外，还可享受子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金以及赡养老人等专项附加扣除。税法授权国务院确定专项附加扣除的具体范围、标准和实施步骤，并报全国人大常委会备案。
在征求意见期间，不少业内人士表达了对加强大病医疗支出的扣除力度、细化住房贷款利息、继续教育等专项附加扣除操作细则的期待。中国社会科学院财经战略研究院研究员杨志勇建议，对于大病医疗支出扣除，应当允许纳税人扣除配偶的大病医疗费用。
上海市财政局巡视员袁白薇认为，从征求意见稿来看，在表述上还可进一步明晰。比如住房贷款利息专项附加扣除条款中，首套住房贷款的概念要更加明确，包括首套住房贷款是认房还是认贷，不同城市首套房贷款如何定义等。
财政部副部长程丽华介绍说，围绕征求意见中社会公众对扣除范围、标准、征收管理等方面提出的具体意见，将更好地研究完善办法，让广大人民群众切实享受到改革的红利。同时，根据教育、住房、医疗、养老等民生支出变化情况，个税专项附加扣除暂行办法在执行过程中还将进行动态调整。