《办法》指出，重大项目稽察特派员办公室（以下简称稽察办）和负责安排中央预算内投资计划的司局（以下简称各相关司局）共同履行中央预算内投资计划实施的监管职责。
《办法》指出，投资计划直接下达到项目的，应明确每一个项目的日常监管直接责任单位和监管责任人。监管责任人由日常监管直接责任单位派出，为日常监管直接责任单位的相关工作人员。监管责任人应随时掌握项目建设情况，原则上应做到“三到现场”，即开工到现场、建设到现场、竣工到现场，并及时主动向上级相关部门报告。
《办法》指出，现场稽察检查应依据有关规定和要求，采用“双随机、一公开”方式进行。建立随机抽查工作机制，完善稽察检查项目、稽察检查人员“双名录库”，随机抽取被稽察检查项目和赴现场稽察检查人员，加大稽察检查结果公开力度，确保稽察检查行为的公正性、规范性和有效性。赴现场稽察检查人员与被稽察检查项目有利害关系的，应当回避。
稽察办不定期对整改落实情况进行抽查，公开抽查结果，对整改不到位的有关单位和个人提出处理问责的建议。
《办法》强调，对中央预算内投资计划下达后超过一年未开工的项目，应进行项目调整。对存在虚假申报、骗取或转移、侵占、挪用中央预算内投资等严重问题的项目，应视情况撤销项目，将中央预算内投资收回用于其他项目，并在一定时期内不再受理有关项目单位的资金申请报告。凡涉及项目调整的，应在异地选择符合条件的项目重新安排。
对存在严重问题的项目，要依照党纪政纪和法律法规的有关规定，严肃追究相关责任人的责任。情节特别严重的要移送纪检监察部门，涉嫌违法犯罪的要移送司法机关。
《办法》强调，依据政府信息公开有关规定，逐步推进计划实施监管结果公开。建立守信联合激励、失信联合惩戒制度，将存在突出问题的项目单位及有关人员纳入“黑名单”，按规定程序和途径推送至全国信用信息共享平台和国家企业信用信息公示系统，实施联合惩戒。